Ook Terheijden ontsnapte niet aan de hardheid van de Tachtigjarige oorlog (1568-1648) die werd gevoerd als een opstand van de Nederlandse adel tegen de regering in Spanje. Het dorp Terheijden werd en was eigenlijk één van de vooruitgeschoven posten van het Bredaas garnizoen gedurende die oorlog. De stad Breda had immers een sleutelpositie met wisselende Spaanse of Hollandse successen en bezettingen. Telkens wanneer de stad Breda voor de oorlogvoerende partijen strategisch van belang werd, dan werd de omgeving overspoeld met legers van de tegenpartij. De strijdlustigen installeerden zich dan in en om het dorp en lieten ook de H. Antonius Abt kerk daarbij niet ongemoeid.
Kortom, de omgeving van de stad Breda had te lijden van de oorlogsperikelen zoals bezettingen, vernielingen, plunderingen en noem maar op. Zo namen in 1580 de Staatse- of Hollandse troepen die waren gelegerd in de kerk, het bezit over van de kerkklokken die vervolgens werden omgesmolten tot twaalf kanonnen. Een tiental jaren later waren de Spanjaarden weer eens de baas over Terheijden ten tijde van de (her)verovering van Breda door Hollandse troepen met het welbekende turfschip, die was vertrokken vanaf Den Hartel. Tijdens die handelingen namen de Spanjaarden bezit van Terheijden, sloten de weg af en gebruikten de kerktoren als uitkijkpost. Door onoplettendheid van een Spaanse soldaat ontstond er brand in de kerk. De toren, het dak van de kerk en de sacristie, werden vernield als gevolg van die brand. Het stenen gewelf van het priesterkoor bleef gespaard. Doordat de kerk in onbruik was geraakt, werd er gepreekt in een schuur en de heilige mis werd opgedragen in de woning van de pastoor. Pas in 1597 werd een bescheiden herstel uitgevoerd aan de zijbeuken en de toren. Een zestal jaren later nam de natuur bezit van de kerk. Tijdens een hevige storm werd nu ook het priesterkoor vernield. Het preken gebeurde weer in een schuur en de mis werd in de pastorie opgedragen.
Gedurende het Twaalfjarig Bestand (1609 tot 1621), een periode van wapenstilstand gedurende deze oorlog, kwam er naast de katholieke parochie ook een protestante gemeente. Er werd begonnen aan herstel van de kerk ondanks pogingen door de protestanten om het bezit van de kerk over te nemen. In 1648 kwam met de Vrede van Munster een eind aan de Tachtigjarige Oorlog. Er kwam een verbod op het uitoefenen van de katholieke erediensten en de katholieke kerkgebouwen, aldus ook de H. Antonius Abt kerk, gingen naar de protestanten. De laatste katholieke dienst in Terheijden werd gehouden op 21 juni 1648 waarna de ornamenten en andere kerkelijke goederen werden meegenomen. Drie dagen later namen de protestanten de kerk in bezit en werden de drie altaren afgebroken. De katholieken mochten nog wel in de kerk begraven worden, maar zonder enig ritueel. Echter, dit was slechts voorbehouden aan welgestelden alsook enkele pastoors, waaronder pastoor Michiel van Geloove in 1723. Vanaf die tijd tot aan de Franse veldtocht (1792 – 1795), werden de katholieke erediensten gehouden in schuurkerken waarvan Terheijden er twee heeft gekend. De eerste schuurkerk was de schuur van “de erfgenamen van moeder Swaens”. Na de Franse veldtocht werd in 1795 een andere tijd ingeluid en op 26 augustus 1799 werd door de vertegenwoordiging van de Bataafse Republiek (1795–1806) het besluit genomen de kerk (de H. Antonius Abt kerk) weer over te dragen aan de katholieke geloofsgemeenschap in Terheijden.
Afbeeldingen: 1634 dorpsgezicht door J. Stellingwerf-Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed Amersfoort / Documentnummer 1375 (2). Gravure uit 1732 (uit de Protestantse periode) door H. Spilman naar C. Pronk (collectie Stadsarchief Breda, nr. 19500006)
