In het begin van de Tweede Wereldoorlog (1940-1945) bleef de Antonius Abt kerk bespaard voor oorlogsschade. Echter, de jaren daarna veroorzaakten aanzienlijke schade waarna herstel volgde en tot de dag van vandaag was er voortdurende aandacht voor renovaties, restauraties en een herbestemming. In 1943 werden de drie klokken uit de kerktoren door de Duitse bezetters gevorderd om omgesmolten te worden voor de Duitse wapenindustrie. Dat ging niet zachtzinnig, met als gevolg gaten in de torenmuur en vernielingen aan het uurwerk. Het kleine Angelusklokje werd kennelijk niet de moeite waard gevonden en bleef op zijn plaats. Voor de bezetters was de toren een strategisch punt en werd in gebruik genomen als uitkijkpost, juist gelet op de komst van de van bevrijders; de Eerste Poolse pantserdivisie. Deze divisie was blijven steken bij de Duitse verdedigingslinie: de Mark en het Markkanaal, met als gevolg een waar spervuur door artillerie en RAF-jachtbommenwerpers op het dorp, waarbij de kerktoren door zeker 62 granaten werd getroffen en ook het verdere kerkgebouw aanzienlijke oorlogsschade opliep.
Op 4 november 1944 werd Terheijden bevrijd door de Poolse strijdmacht. Een viertal gewonde Poolse soldaten raakte gewond en werden met hun brancards bij het altaar gelegd, waar ze alsnog stierven. Na de bevrijding werd al vrij snel begonnen aan het herstel van het kerkgebouw en er kwamen in 1947 drie nieuwe klokken in de toren: Maria (883 kg), Petrus (1150 kg) en Antonius (1250 kg). De binnenkant van de kerk werd in 1958 drastisch veranderd en teruggebracht naar de staat van eeuwen geleden. De zeer kleurrijke tegels van na de brand 1922 werden verwijderd, de muurschilderingen verdwenen onder een grijswitte pleisterlaag, het Maria-altaar en Antonius-altaar vielen net als de opbouw van het hoogaltaar en de communiebanken, onder de slopershamer. De kerk werd in gereedheid gebracht voor de vernieuwde liturgie waarbij de priester met het gezicht naar de mensen voorging in de vieringen waarbij dan ook nog het Latijn plaats ging maken voor het Nederlands. (Overigens kwam er in de jaren negentig van de vorige eeuw toch weer meer kleur in het kerkgebouw. Er kwamen neogotische altaar retabels en in 2018 werden een Maria altaar en een Antonius altaar teruggeplaatst).
In 1994 werd de gehele noordzijde van de kerk gerestaureerd en van 2003 tot 2005 werden de door erosie aangetaste natuurstenen delen van de muur aan de zuidzijde vervangen alsook het herstel van de glas in lood ramen, het dak, de fundering, het voegwerk, het Mariakapelletje en de vieringtoren. In 2010 was de torensprits aan de beurt. De beschadigde leien en de houtconstructie werden hersteld of vervangen. Negen jaar later was de hele toren toe aan een complete restauratie. De toren werd in de steigers gezet en voorzien van geheel nieuwe natuurstenen leien. Ook de dakkapellen werden onderhanden genomen en het totale voeg- en metselwerk van de toren en de traptoren werd gerenoveerd. Door het afnemende kerkbezoek dreigde het kerkgebouw door de Vijf Heiligen Parochie afgestoten te worden. Maar om toch de mogelijkheid te blijven bieden in Terheijden om in kerkelijk verband samen te blijven komen, besloot men dat door het plaatsen van een wand, naar een ontwerp van ontworpen architect Edwin Paymans en kunstenares Susan Nash, de kerk op te delen in een kleine sacrale ruimte en het resterende deel als zaal ‘De Abt’ te bestemmen voor sociale en culturele activiteiten. Voor de realisatie werd de Stichting Behoud Antonius Abt Terheijden (SBAAT) in het leven geroepen. In 2017 gaf de bisschop van Breda Mgr. J. Liesen de machtiging af tot het plaatsen van een wand en op 9 september 2018 werd deze onthuld en op 20 januari 2019 werd het kleinere sacrale gedeelte officieel in gebruik genomen.
Foto’s: 1942 Ansichtkaart met poststempel 1942, digitale collectie Johan van der Made, 2019 18 maart door ©Johan Wouters, fotograaf www.johanwouters.com archief Vijf Heiligen Parochie, 1987 door Johan van Gurp, JVG19870116084 en JVG19870116077 / collectie Stadsarchief Breda.
NB: In 1987 sloeg het noodlot wederom toe in de geschiedenis van het eeuwenoude Terheijdense kerkgebouw. Door een defect in de verwarmingsinstallatie ontstond een korte hevige brand. Gelukkig, mede dankzij de moderne voor die tijd eigentijdse blusmiddelen en de Terheijdense brandweer, bleef de schade beperkt tot roet en rookschade.